Esta iglesia se remonta al siglo XIII, época en que se construyó una pequeña ermita en la cima de la montaña. Por entonces el Camino de Santiago pasaba por este lugar, motivo que originó que la ermita se fuera ampliando progresivamente. Llegó incluso a albergar un convento, pero a partir del siglo XIX comenzó su declive coincidiendo con la entrada de las tropas de Napoleón. Su destrucción definitiva llegaría en 1936 a causa de un incendio.
Gracias al interés mostrador por la gente de los alrededores, el Santuario se construyó en 1957, con la ayuda de la familia alemana Honingman-Bayer.
Más recientemente, en 1995, se creó la Hermandad Virgen de la Peña. Una asociación que fomenta la devoción y culto a esta Virgen y colaboran en la conservación del Santuario.
Uno de los mayores atractivos del Santuario es su emplazamiento. Situado en lo alto de la Peña de Congosto nos permite contemplar una panorámica general de Congosto, el pantano de Bárcena y sus alrededores.
